Pendidikan Sarjana ditempuh pada program studi Teknik dan Manajemen Industri, Institut Teknologi Nasional (ITENAS), pada tahun 1996-2000. Kemudian pendidikan pascasarjana S2, ditempuh pada tahun 2003-2005 pada program studi Teknologi Industri Pertanian, Institut Pertanian Bogor (IPB). Pada kelulusan program S2, Sdri Winnie tercatat sebagai Lulusan Terbaik Magister Sains dengan Indeks Prestasi Kumulatif 4.0 pada periode kelulusan 2005/2006. Sdri Winnie Septiani mendapatkan beasiswa dari DIKTI untuk melanjutkan studi S3 pada tahun 2012 di Institut Pertanian Bogor, program studi Teknologi Industri Pertanian.

Disertasi yang disusun berjudul Rancang Bangun Model Manajemen Risiko Rantai Pasok Agroindustri Susu Berbasis Pengetahuan dengan komisi pembimbing terdiri dari Prof.Dr.Marimin, MSc , Dr.Yeni Herdiyeni, S.Si, M.Kom dan Dr.Ir.Liesbetini Haditjaroko, MS. Dengan anggota luar komisi Dr.Agus H.Canny, MA, M.Sc (Wakil Rektor President University dan Direktur Marketing PT. Jababeka) dan Dr.Ir.Agus Buono, M.Si, M.Kom (Ketua Departemen Ilmu Komputer, FMIPA-IPB).

Beberapa artikel terkait yang telah terbit dan submitted pada jurnal nasional, jurnal internasional dan seminar internasional yaitu sebagai berikut : 1) Artikel yang berjudul "Framework Model of Sustainable Supply Chain Risk of Dairy Agroindustry Based on Knowledge Base" telah dipresentasikan dalam seminar internasional ICACSIS 2014 dan diterbitkan dalam IEEE (978-1-4799-8075-8); 2) Artikel berjudul "Method and Approach Mapping for Agri-food Supply Chain Risk Management : Literature Review" akan diterbitkan pada International Journal of Supply Chain Management terindeks scopus Volume 5 Nomor 2 bulan Juni 2016 (ISSN : 2050-7399); 3) Artikel yang berjudul "Risk Dependency Chain Model of Dairy Agro-industry Supply Chain using Fuzzy Logic Approach" telah diterima untuk dipublikasikan pada Journal Internasional: Supply Chain Forum terindeks scopus.